Поставить фаерволл. Далее анализировать активность и сами пакеты и выявить среди них ддос. Далее создать правило отброса\игнорирование\блокировку (как вам угодно) пакетов по правилу, созданному на основе типа пакета или IP адреса. Самая лучшая защита - ручная блокировка IP адресов + скрипты.